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让科研更高效!申城在线生物信息分析平台有望年底全面上线
发布日期:2020-05-22   来源:新民晚报

随着生命科学领域研究的深入和技术的发展,科学研究和临床诊断逐渐向基因水平聚焦,全基因组测序技术已开始成为这些领域重要的研究手段。日前,由上海科技创新资源数据中心研发,基于PaaS的在线生物信息分析平台G-Xpert已基本完成,预计于今年年底全面上线。

过去,基因测序技术受地域限制和分析周期的影响,分析结果的及时性较弱,尤其是对疾病的快速诊断十分不利。基于云计算的生物信息分析平台,则可以打破测序数据分析的专业壁垒,满足不同研究领域用户的需求。例如,一名从事细菌进化研究的科研工作者,可以在平台上完成测序数据质控、变异位点提取、进化树构建等常规分析步骤;一名从事肿瘤研究的临床医生,在平台上可以完成肿瘤组织与正常组织的突变比对,从而获得肿瘤独有的变异位点。

数据中心首席技术官张嘉锐告诉记者,在线生物信息分析平台,通过部署各领域专家背书的分析流程以及PaaS级别的定向优化,大大降低使用门槛,使科研人员和医务工作者提高研究效率,实现“数据不落地”的在线协同。据介绍,今年疫情期间,数据中心推出的病毒基因组检测服务,就是该生信分析平台的主要功能之一,用户只需上传呼吸道样本的二代测序数据,即可在3小时内检测出是否含有新型冠状病毒。

未来,数据中心还将根据业务实际需求,除了在线分析外,将对于医院、疾控中心等涉及敏感数据的机构,协助完成本地化部署检测流程和云平台,提升实时检测的能力。(记者 马亚宁)

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