上海应用数学中心成立于2020年，是科技部首批支持建设的国家应用数学中心之一。上海应用数学中心综合上海各高校及科研机构的学科交叉优势，搭建新时代应用数学与现代产业发展交叉、交融的有效平台，汇聚促进应用数学及新型、新兴产业发展的资源，建立数学家与企业、产业专家交流机制，凝练队伍、聚焦问题、深化合作、持续研究，提升数学支撑上海市及国家创新发展的源头动力。

上海应用数学中心设复旦大学分中心、上海交通大学分中心。