上海市科学技术委员会部门预算是包括面向全市科技发展的科技专项经费以及市科委机关本部和所属预算单位行政事业经费的综合收支计划。2012年，上海市科学技术委员会部门预算支出总额为384,985万元，其中：财政拨款支出预算322,289万元。财政拨款支出预算中，基本支出12,111万元；项目支出310,178万元。财政拨款支出主要内容如下：

　　1. “教育”科目2,870万元，主要用于部门教育单位的机构运转及各类业务活动等支出。

　　2. “科学技术”科目317,204万元，主要用于科学技术管理事务、重点基础研究、应用研究、技术研究与开发、科技条件与服务、科学技术普及、科技交流与合作、科学技术奖励等支出。

　　3. “社会保障和就业”科目922万元，主要用于离退休经费、机关事业单位退休人员活动经费等支出。

　　4. “医疗卫生”科目784万元，主要用于缴纳在职人员医疗保险等支出。

　　5. “住房保障支出”科目509万元，主要用缴纳在职人员住房公积金支出。