上海市科学技术委员会部门预算是包括面向全市科技发展的科技三项经费、市科委专项经费以及市科委机关和下属预算单位行政事业经费的综合收支计划。2011年，上海市科学技术委员会部门预算支出总额为348,043万元，其中：财政拨款支出预算305,912万元。财政拨款支出预算中，基本支出11,746万元；项目支出294,166万元。财政拨款支出主要内容如下：
　　
　　1、“教育”科目1,653万元，主要用于部门教育单位的机构运转及各类业务活动等支出。
　　
　　2、“科学技术”科目302,204万元，主要用于科学技术管理事务、重点基础研究规划、应用研究、技术研究与开发、科技条件与服务、科学技术普及、科技交流与合作、科学技术奖励等方面的支出。
　　
　　3、“社会保障和就业”科目828万元，主要用于离退休方面的支出。
　　
　　4、“医疗卫生”科目743万元，主要用于按照国家政策规定为在职人员缴纳基本医疗保险费的支出。
　　
　　5、“住房保障支出”科目472万元，主要用于按照国家政策规定为在职人员缴纳住房公积金的支出。
　　
　　6、“粮油物资管理事务”科目1万元，主要用于行政单位在职人员粮油补贴。
　　
　　7、“储备事务支出”科目11万元，主要用于事业单位在职人员肉食品价格补贴。